Холмский, Псковитяне и сам Иоанн готовились с разных сторон обступить Новгород, чтобы совершить последний удар: не много времени оставалось для размышления. Сановники, граждане единодушно предложили нареченному Архиепископу Феофилу быть ходатаем мира. Сей разумный Инок со многими Посадниками, Тысячскими и людьми Житыми всех пяти Концов отправился на судах озером Ильменем к устью Шелони, в стан Московский. Не смея вдруг явиться Государю, они пошли к его Вельможам и просили их заступления: Вельможи просили Иоанновых братьев, а братья самого Иоанна. Чрез несколько дней он дозволил Послам стать пред лицом своим. Феофил вместе со многими духовными особами и знатнейшие чиновники Новогородские, вступив в шатер Великокняжеский, пали ниц, безмолвствовали, проливали слезы. Иоанн, окруженный сонмом Бояр, имел вид грозный и суровый. «Господин, Князь Великий! - сказал Феофил: - утоли гнев свой, утиши ярость; пощади нас, преступников, не для моления нашего, но для своего милосердия! Угаси огнь, палящий страну Новогородскую; удержи меч, лиющий кровь ее жителей!» Иоанн взял с собою из Москвы одного ученого в летописях Дьяка, именем Стефана Бородатого, коему надлежало исчислить перед Новогородскими Послами все древние их измены; но Послы не хотели оправдываться и требовали единственно милосердия. Тут братья и Воеводы Иоанновы ударили челом за народ виновный; молили долго, неотступно [11 августа]. Наконец Государь изрек слово великодушного прощения, следуя, как уверяют Летописцы, внушениям Христианского человеколюбия и совету Митрополита Филиппа помиловать Новогородцев, если они раскаются; но мы видим здесь действие личного характера, осторожной политики, умеренности сего Властителя, коего правилом было: не отвергать хорошего для лучшего, не совсем верного.
Новогородцы за вину свою обещали внести в казну Великокняжескую 15500 рублей или около осьмидесяти пуд серебра, в разные сроки, от 8 сентября до Пасхи: возвратили Иоанну прилежащие к Вологде земли, берега Пинеги, Мезены, Немьюги, Выи, Поганой Суры, Пильи горы, места, уступленные Василию Темному, но после отнятые ими; обязались в назначенные времена платить Государям Московским черную, или народную, дань, также и Митрополиту судную пошлину; клялися ставить своих Архиепископов только в Москве, у гроба Св. Петра Чудотворца, в Дому Богоматери; не иметь никакого сношения с Королем Польским, ни с Литвою; не принимать к себе тамошних Князей и врагов Иоанновых; Князя Можайского, сыновей Шемяки и Василия Ярославпча Боровского; отменили так называемые Вечевые грамоты; признали верховную судебную власть Государя Московского, в случае несогласия его Наместников с Новогородскими сановниками; обещались не издавать впредь судных грамот без утверждения и печати Великого Князя, и проч. Возвращая им Торжок и новые свои завоевания в Двинской земле, Иоанн по обычаю целовал крест, в уверение, что будет править Новымгородом согласно с древними уставами оного, без всякого насилия. Сии взаимные условия или обязательства изображены в шести тогда написанных грамотах, от 9 и 11 Августа, в коих юный сын Иоаннов именуется также, подобно отцу, Великим Князем всей России. Помирив еще Новгород с Псковитянами, Иоанн уведомил своих Полководцев, что война прекратилась; ласково угостил Феофила и всех Послов; отпустил их с милостию и вслед за ними велел ехать Боярину Феодору Давидовичу, взять присягу с Новогородцев на Вече. Дав слово забыть прошедшее, Великий Князь оставил в покое и самую Марфу Борецкую и не хотел упомянуть об ней в договоре, как бы из презрения к слабой жене. Исполнив свое намерение, наказав мятежников, свергнув тень Казимирову с древнего престола Рюрикова, он с честию, славою и богатою добычей [1 Сентября] возвратился в Москву. Сын, брат, Вельможи, воины и купцы встретили его за 20 верст от столицы, народ за семь, Митрополит с духовенством перед Кремлем на площади. Все приветствовали Государя как победителя, изъявляя радость.
Еще Новгород остался державою народною; но свобода его была уже единственно милостию Иоанна и долженствовала исчезнуть по мановению самодержца. Нет свободы, когда нет силы защитить ее. Все области Новогородские, кроме столицы, являли от пределов восточных до моря зрелище опустошения, произведенного не только ратию Великокняжескою, но и шайками вольницы: граждане и жители сельские в течение двух месяцев ходили туда вооруженными толпами из Московских владений грабить и наживаться. Погибло множество людей. К довершению бедствия, 9000 человек, призванных в Новгород из уездов для защиты оного, возвращаясь осенью в свои домы на 180 судах, утонули в бурном Ильмене. Зимою Священноинок Феофил с духовными и мирскими сановниками приехал в Москву и был поставлен в Архиепископы. Когда сей торжественный обряд совершился, Феофил на амвоне смиренно преклонил выю пред Иоанном и молил его умилосердиться над знатными Новогородскими пленниками, Василием Казимиром и другими, которые еще сидели в Московских темницах: Великий Князь даровал им свободу, и Новгород принял их с дружелюбием, а Владыку своего с благодарностию, легкомысленно надеясь, что время, торговля, мудрость Веча и правила благоразумнейшей политики исцелят глубокие язвы отечества.
В исходе сего года явилась Комета, в начале следующего другая; народ трепетал, ожидая чего-нибудь ужасного. Иоанн же, не участвуя в страхе суеверных, спокойно мыслил о важном завоевании. Древняя славная Биармия, или Пермь уже в XI веке платила дань Россиянам, в гражданских отношениях зависела от Новагорода, в церковных от нашего Митрополита, но всегда имела собственных Властителей и торговала с Москвитянами как Держава свободная. Присвоив себе Вологду, Великие Князья желали овладеть и Пермию, однако ж дотоле не могли: ибо Новогородцы крепко стояли за оную, обогащаясь там меною Немецких сукон на меха драгоценные и на серебро, которое именовалось Закамским и столь прельщало хитрого Иоанна Калиту. В самом Шелонском договоре Новогородцы включили Пермь в число их законных владений; но Иоанн III, подобно Калите дальновидный и гораздо его сильнейший, воспользовался первым случаем исполнить намерение своего пращура без явной несправедливости. В Перми обидели некоторых, Москвитян: сего было довольно для Иоанна: он послал туда Князя Феодора Пестрого с войском, чтобы доставить им законную управу.