Подчинив себе Казань, Государь утвердил власть свою над Вяткою. В то время, когда Холмский действовал против Алегама, беспокойный ее народ, не менее своих братьев, Новогородцев, привязанный к древним уставам вольности, изъявил непослушание и выгнал Наместника Великокняжеского. Несмотря на многочисленность войска, бывшего в Казанском походе, Иоанн имел еще иное в готовности и послал Воеводу, Юрия Шестака-Кутузова, смирить мятежников; но Вятчане умели обольстить Кутузова: приняв их оправдание, он возвратился с миром. Великий Князь назначил других Полководцев, Князя Даниила Щеню и Григорья Морозова, которые с 60000 воинов приступили к Хлынову. Жители обещались повиноваться, платить дань и служить службы Великому Князю, но не хотели выдать главных виновников бунта: Аникиева, Лазарева и Богодайщикова. Воеводы грозили огнем: велели окружить город плетнями, а плетни берестом и смолою. Оставалось несколько минут на размышление: Вятчане представили Аникиева с товарищами, коих немедленно послали окованных к Государю. Народ присягнул в верности. Ему дали новый устав гражданский, согласный с самодержавием, и вывели оттуда всех нарочитых земских людей, граждан, купцев с женами и детьми в Москву. Иоанн поселил земских людей в Боровске и в Кременце, купцев в Дмитрове, а трех виновнейших мятежников казнил: чем и пресеклось бытие сей достопамятной народной Державы, основанной выходцами Новогородскими в исходе второго-надесять века, среди пустынь и лесов, где в тишине и неизвестности обитали Вотяки с Черемисами. Долго история молчала о Вятке: малочисленный ее народ, управляемый законами демократии, строил жилища и крепости, пахал землю, ловил зверей, отражал нападения Вотяков и, мало-помалу усиливаясь размножением людей, более и более успевая в гражданском хозяйстве, вытеснил первобытных жителей из мест привольных, загнал их во глубину болотистых лесов, овладел всею землею между Камою и Югом, устьем Вятки и Сысолою; начал торговать с Пермяками, Казанскими Болгарами, с восточными Новогородскими и Великокняжескими областями; но еще не довольный выгодами купечества, благоприятствуемого реками судоходными, сделался ужасен своими дерзкими разбоями, не щадя и самых единоплеменников. Вологда, Устюг, Двинская земля опасались сих Русских Норманов столько же, как и Болгария: легкие вооруженные суда их непрестанно носились по Каме и Волге. В исходе XIV века уже часто упоминается в летописях о Вятке. Полководец Тохтамыша выжег ее города: сын Донского присвоил себе власть над оною, внук стеснил там вольность народную, правнук уничтожил навеки. Воеводы Иоанновы вместе с Вяткою покорили и землю Арскую (где ныне город Арск); сия область древней Болгарии имела своих Князей, взятых тогда в плен и приведенных в Москву: государь отпустил их назад, обязав клятвою подданства.
Среди блестящих деяний государственных, ознаменованных мудростию и счастием Венценосца, он был поражен несчастием семейственным. Достойный наследник Великого Князя, Иоанн Младой, любимый отцом и народом, пылкий, мужественный в опасностях войны, в 1490 году занемог ломотою в ногах (что называли тогда камчюгою). За несколько месяцев перед тем сыновья Рала Палеолога, быв в Италии, привезли с собою из Венеции, вместе с разными художниками, лекаря, именем Мистра Леона, родом Жидовина: он взялся вылечить больного, сказав Государю, что ручается за то своею головою. Иоанн поверил и велел ему лечить сына. Сей Медик, более смелый, нежели искусный, жег больному ноги стеклянными сосудами., наполненными горячею водою, и давал пить какое-то зелие. Недуг усилился: юный Князь, долго страдав, к неописанной скорби отца и подданных скончался, имев от рождения 32 года. Иоанн немедленно приказал заключить Мистра Леона в темницу и через шесть недель казнил всенародно на Болванове за Москвою-рекою. В сем для нас жестоком деле народ видел одну справедливость: ибо Леон обманул Государя и сам себя обрек на казнь. Такую же участь имел в 1485 году и другой врач, Немец Антон, лекарствами уморив Князя Татарского, сына Даниярова: он был выдан родным головою и зарезан ножом под Москворецким мостом, к ужасу всех иноземцев, так, что и славный Аристотель хотел немедленно уехать из России: Иоанн разгневался и велел заключить его в доме; но скоро простил.
Строгий в наказании бедных неискусных врачей, сей Государь в то же время изъявил похвальную умеренность в случае важном для веры, в расколе столь бедственном, по выражению современника, Св. Иосифа Волоцкого, что благочестивая земля Русская не видала подобного соблазна от века Ольгина и Владимирова. Расскажем обстоятельства. Был в Киеве Жид именем Схариа, умом хитрый, языком острый: в 1470 году приехав в Новгород с Князем Михайлом Олельковичем, он умел обольстить там двух Священников, Дионисия и Алексия; уверил их, что закон Моисеев есть единый Божественный; что история Спасителя выдумана; что Христос еще не родился; что не должно поклоняться иконам, и проч. Завелась Жидовская ересь. Поп Алексий назвал себя Авраамом, жену свою Саррою и развратил, вместе с Дионисием, многих Духовных и мирян, между коими находился Протоиерей Софийской церкви, Гавриил, и сын знатного Боярина, Григорий Михайлович Тучин. Но трудно понять, чтобы Схариа мог столь легко размножить число своих учеников Новогородских, если бы мудрость его состояла единственно в отвержении Христианства и в прославлении Жидовства: Св. Иосиф Волоцкий дает ему имя Астролога и чернокнижника: и так вероятно, что Схариа обольщал Россиян Иудейскою Кабалою, наукою пленительною для невежд любопытных и славною в XV веке, когда многие из самых ученых людей (например, Иоанн Пик Мирандольский) искали в ней разрешения всех важнейших загадок для ума человеческого. Кабалисты хвалились древними преданиями, будто бы дошедшими до них от Моисея; многие уверяли даже, что имеют книгу, полученную Адамом от Бога, и главный источник Соломоновой мудрости; что они знают все тайны природы, могут изъяснить сновидения, угадывать будущее, повелевать духами; что сею наукою Моисей восторжествовал над Египетскими волхвами, Илия повелевал огнем небесным, Даниил смыкал челюсти львам; что Ветхий Завет исполнен хитрых иносказаний, объясняемых кабалою; что она творит чудеса посредством некоторых слов Библии, и проч. Неудивительно, если сии внушения произвели сильное действие в умах слабых, и хитрый Жид, овладев ими, уверил их и в том, что Мессия еще не являлся в мире. - Внутренно отвергая святыню Христианства, Новогородские еретики соблюдали наружную пристойность, казались смиренными постниками, ревностными в исполнении всех обязанностей благочестия так, что Великий Князь в 1480 году взял Попов Алексия и Дионисия в Москву как Пастырей, отличных достоинствами: первый сделался Протоиереем храма Успенского, а второй Архангельского. С ними перешел туда и раскол, оставив корень в Новегороде. Алексий снискал особенную милость Государя, имел к нему свободный доступ и тайным своим учением прельстил Архимандрита Симоновского, Зосиму, Инока Захарию, Дьяка Великокняжеского Федора Курицына и других. Сам Государь, не подозревая ереси, слыхал от него речи двусмысленные, таинственные: в чем после каялся наедине Святому Иосифу, говоря, что и невестка его, Княгиня Елена, была вовлечена в сей Жидовский раскол одним из учеников Алексиевых, Иваном Максимовым. Между тем Алексий до конца жизни пользовался доверенностию Государя и, всегда хваля ему Зосиму, своего единомышленника, был главною виною того, что Иоанн, по смерти Митрополита Геронтия, возвел сего Архимандрита Симоновского (в 1490 году) на степень Первосвятителя. «Мы увидели, - пишет Иосиф, - чадо Сатаны на престоле угодников Божиих, Петра и Алексия, увидели хищного волка в одежде мирного Пастыря». Тайный Жидовин еще скрывался под личиною Христианских добродетелей.