Но еще долгое время он не переменялся явно: чтил мужей добролюбивых, с уважением слушал наставления Сильвестровы, ласкал Адашева и дал ему сан Окольничего, употребляя его, вместе с Дьяком Михайловым, в важнейших делах внешней Политики. Чрез девять месяцев, утешенный рождением [28 Марта 1554 г.] второго сына, Иоанна, Государь в новом, тогда написанном завещании показал величайшую доверенность к брату, Князю Владимиру Андреевичу: объявил его, в случае своей смерти, не только опекуном юного Царя, не только Государственным Правителем, но и наследником трона, если Царевич Иоанн скончается в малолетстве; а Князь Владимир дал клятву быть верным совести и долгу, не щадить ни самой матери, Княгини Ефросинии, если бы она замыслила какое зло против Анастасии или сына ее; не знать ни мести, ни пристрастия в делах государственных, не вершить оных без ведома Царицы, Митрополита, Думных Советников и не держать у себя в Московском доме более ста воинов. - В самых справедливых наказаниях Государь, как и прежде, следовал движениям милосердия; например: Князь Симеон Ростовский, знатный Вельможа, оказав себя в болезнь Государя противником его воли, не мог быть спокоен духом; не верил наружной тихости Иоанновой, мучился страхом, вздумал бежать в Литву с братьями и племянниками; сносился с Королем Августом, с Литовскими Думными Панами, открывал им государственные тайны, давал вредные для нас советы, чернил Царя и Россию. Он послал к Королю своего ближнего, Князя Никиту Лобанова-Ростовского: его остановили в Торопце, допросили, узнали измену; и Князь Симеон, взятый под стражу, сам во всем признался, извиняясь скудостию и малоумием. Бояре единогласно осудили преступника на смертную казнь: но Государь, вняв молению Духовенства, смягчил решение суда: Князя Симеона выставили на позор и заточили на Белоозеро. - В деле иного рода оказалось также милосердие Иоанново. Донесли Государю, что возникает опасная ересь в Москве; что некто Матвей Башкин проповедует учение совсем не Христианское, отвергает таинства нашей Веры, Божественность Христа, деяния Соборов и святость Угодников Божиих. Его взяли в допрос: он заперся, называя себя истинным Христианином; но, посаженный в темницу, начал тосковать, открыл ересь свою ревностным Инокам Иосифовского монастыря, Герасиму и Филофею; сам описал ее, наименовал единомышленников, Ивана и Григорья Борисовых, Монаха Белобаева и других; сказал, что развратителями его были Католики, аптекарь Матвей Литвин и Андрей Хотеев; что какие-то Заволжские старцы в искренней беседе с ним объявили ему такое же мнение о Христе и Святых; что будто бы Рязанский Епископ Кассиан благоприятствовал их заблуждению, и проч. Царь и Митрополит, Собором уличив еретиков, не хотели употребить жестокой казни: осудили их единственно на заточение, да не сеют соблазна между людьми; а Епископа Кассиана, разбитого параличом, отставили.
Доказав, что болезнь и горестные ее следствия не ожесточили его сердца - что он умеет быть выше обыкновенных страстей человеческих и забывать личные, самые чувствительные оскорбления - Иоанн с прежнею ревностию занялся делами государственными, из коих главным было тогда усмирение завоеванного им Царства. Он послал Данила Адашева, брата Алексеева, с Детьми Боярскими и с Вятчанами на Каму; а знаменитых доблестию Воевод, Князя Симеона Микулинского, Ивана Шереметева и Князя Андрея Михайловича Курбского в Казань со многими полками. Они выступили зимою, в самые жестокие морозы; воевали целый месяц в окрестностях Камы и Меши; разорили там новую крепость, сделанную мятежниками; ходили за Ашит, Уржум, до самых Вятских и Башкирских пределов; сражались ежедневно в диких лесах, в снежных пустынях; убили 10000 неприятелей и двух злейших врагов России, Князя Янчуру Измаильтянина и богатыря Черемисского Алеку; взяли в плен 6000 Татар, а жен и детей 15000. Князья Иван Мстиславский и Михайло Васильевич Глинский воевали Луговую Черемису, захватили 1600 именитых людей, Князей, Мурз, чиновников Татарских и всех умертвили. Воеводы и сановники, действуя ревностно, неутомимо, получили от государя золотые медали, лестную награду сего времени: ими витязи украшали грудь свою вместо нынешних крестов орденских. - Еще бунт не угасал: еще беглецы Казанские укрывались в ближних и дальних местах, везде волнуя народ; грабили, убивали наших купцев и рыболовов на Волге; строили крепости; хотели восстановить свое Царство. Один из Луговых Сотников, Мамич Бердей, призвав какого-то Ногайского Князя, дал ему имя Царя, но сам умертвил его как неспособного и малодушного: отрубив ему голову, взоткнул ее на высокое дерево и сказал: «Мы взяли тебя на Царство для войны и победы; а ты с своею дружиною умел только объедать нас! Теперь да царствует голова твоя на высоком престоле!» Сего опасного мятежника горные жители заманили в сети: дружелюбно звали к себе на пир, схватили и отослали в Москву: за что Государь облегчил их в налогах. Несколько раз земля Арская присягала и снова изменяла: Луговая же долее всех упорствовала в мятеже. Россияне пять лет не опускали меча: жгли и резали. Без пощады губя вероломных, Иоанн награждал верных: многие Казанцы добровольно крестились, другие, не оставляя закона отцов своих, вместе с первыми служили России. Им давали землю, пашню, луга и все нужное для хозяйства. Наконец усилия бунтовщиков ослабели; вожди их погибли все без исключения, крепости были разрушены, другие (Чебоксары, Лаишев) вновь построены нами и заняты стрельцами. Вотяки, Черемисы, самые отдаленные Башкирцы приносили дань, требуя милосердия. Весною в 1557 году Иоанн в сию несчастную землю, наполненную пеплом и могилами, послал Стряпчего, Семена Ярцова, с объявлением, что ужасы ратные миновались и что народы ее могут благоденствовать в тишине как верные подданые Белого Царя. Он милостиво принял в Москве их старейшин и дал им жалованные грамоты.