Безмолвствовал и добродетельный Митрополит для граждан и Бояр отчаянных; но Бог видел его сердце, а Царь слышал тайные увещания, самые жестокие укоризны, к несчастию бесполезные: убегал, не хотел видеть его. Добрые Вельможи приходили к Филиппу, рыдали, указывали ему на окровавленные стогны: он утешал горестных именем Отца Небесного; дал им слово не щадить своей жизни для спасения людей, и сдержал оное.
[1568 г.] Однажды, в день Воскресный, в час Обедни, Иоанн, провождаемый некоторыми Боярами и множеством опричников, входит в Соборную церковь Успения: Царь и вся дружина его были в черных ризах, в высоких шлыках. Митрополит Филипп стоял в церкви на своем месте: Иоанн приближился к нему и ждал благословения. Митрополит смотрел на образ Спасителя, не говоря ни слова. Наконец Бояре сказали: "Святый Владыко! се Государь: благослови его!" Тут, взглянув на Иоанна, Филипп ответствовал: "В сем виде, в сем одеянии странном не узнаю Царя Православного; не узнаю и в делах Царства… О Государь! Мы здесь приносим жертвы Богу, а за олтарем льется невинная кровь Христианская. Отколе солнце сияет на небе, не видано, не слыхано, чтобы Цари благочестивые возмущали собственную Державу столь ужасно! В самых неверных, языческих Царствах есть закон и правда, есть милосердие к людям - а в России нет их! Достояние и жизнь граждан не имеют защиты. Везде грабежи, везде убийства и совершаются именем Царским! Ты высок на троне; но есть Всевышний, Судия наш и твой. Как предстанешь на суд Его? обагренный кровию невинных, оглушаемый воплем их муки? ибо самые камни под ногами твоими вопиют о мести!… Государь! вещаю яко пастырь душ. Боюся Господа единого!" Иоанн трепетал от гнева: ударил жезлом о камень и сказал голосом страшным: "Чернец! Доселе я излишно щадил вас, мятежников: отныне буду, каковым меня нарицаете!" и вышел с угрозою. - На другой день были новые казни. В числе знатных погиб Князь Василий Пронский. Всех главных сановников Митрополитовых взяли под стражу, терзали, допрашивали о тайных замыслах Филипповых, и ничего не сведали. Еще не смел Иоанн возложить руку на самого Первосвятителя, любимого, чтимого народом более, нежели когда-нибудь; готовил ему удар, но имел терпение - и между тем что делал?
Так пишут очевидцы: в Июле месяце 1568 года, в полночь, любимцы Иоанновы Князь Афанасий Вяземский, Малюта Скуратов, Василий Грязной с Царскою дружиною вломились в домы ко многим знатным людям, Дьякам, купцам; взяли их жен, известных красотою, и вывезли из города. Вслед за ними, по восхождении солнца, выехал и сам Иоанн, окруженный тысячами кромешников. На первом ночлеге ему представили жен: он избрал некоторых для себя, других уступил любимцам, ездил с ними вокруг Москвы, жег усадьбы Бояр опальных, казнил их верных слуг, даже истреблял скот, особенно в Коломенских селах убитого Конюшего Федорова; возвратился в Москву и велел ночью развезти жен по домам: некоторые из них умерли от стыда и горести.
Убегая Митрополита, Царь однако ж видал его в церкви. В день Св. Апостолов Прохора и Никанора, 28 июля, Филипп служил в Новодевичьем монастыре и ходил по стене с крестами: тут был и Царь с опричниками, из коих один шел за ним в тафье: Митрополит, увидев сие бесчиние, остановился и с негодованием сказал о том Государю; но опричник уже спрятал свою тафью. Царя уверили, что Филипп выдумал сказку, желая возбудить народ против любимцев Государевых. Иоанн забыл всю пристойность: торжественно ругал Митрополита, называл лжецом, мятежником, злодеем; клялся, что уличит его во всем - и приступил к делу по совету с коварным Духовником своим, Благовещенским Протоиереем Евстафием, тайным Филипповым ненавистником. Немедленно отправились в Соловки Епископ Суздальский Пафнутий, Архимандрит Андрониковский Феодосий и Князь Василий Темкин, прежде воин именитый, тогда ревностный слуга тиранства, подобно Басмановым и другим. Надлежало ли так далеко искать клеветников гнусных? Но Царь хотел омрачить добродетель в самом ее светлом источнике; где Филипп прославился ею, там открыть его мнимое лицемерие и нечистоту душевную: сия мысль казалась Иоанну искусною хитростию. Послы Царские то ласкали, то ужасали Монахов Соловецких, требуя, чтобы они бесстыдно лгали на своего бывшего Игумена: все говорили, что Филипп свят делами и сердцем; но сыскался один, который дерзнул утверждать противное: их глава, Игумен Паисий, в надежде сделаться Епископом. Изобрели доносы, улики, представили Иоанну, и велели Митрополиту явиться на суд. Царь, Святители, Бояре сидели в молчании. Игумен Паисий стоял и клеветал на святого мужа с неслыханною дерзостию. Вместо оправдания бесполезного, Митрополит тихо сказал Паисию, что злое сеяние не принесет ему плода вожделенного; а Царю: "Государь, Великий Князь! Ты думаешь, что я боюся тебя или смерти: нет! Достигнув глубокой старости беспорочно, не знав в пустынной жизни ни мятежных страстей, ни козней мирских, желаю так и предать дух свой Всевышнему, моему и твоему Господу. Лучше умереть невинным мучеником, нежели в сане Митрополита безмолвно терпеть ужасы и беззакония сего несчастного времени. Твори, что тебе угодно. Се жезл Пастырский; се белый клобук и мантия, коими ты хотел возвеличить меня. А вы, Святители, Архимандриты, Игумены и все служители олтарей! Пасите верно стадо Христово; готовьтеся дать отчет и страшитеся Небесного Царя еще более, нежели земного". Он хотел удалиться: Царь остановил его; сказал, что ему должно ждать суда, а не быть своим судиею: принудил его взять назад утварь Святительскую и еще служить Обедню в день Архангела Михаила (8 Ноября). Когда же Филипп в полном облачении стоял пред олтарем в храме Успения, явился там Боярин Алексей Басманов с толпою вооруженных опричников, держа в руке свиток. Народ изумился. Басманов велел читать бумагу: услышали, что Филипп собором Духовенства лишен сана Пастырского. Воины вступили в олтарь, сорвали с Митрополита одежду Святительскую, облекли его в бедную ризу, выгнали из церкви метлами и повезли на дровнях в обитель Богоявления. Народ бежал за Митрополитом, проливая слезы: Филипп с лицом светлым, с любовию благословлял людей и говорил им: "молитеся!" На другой день привели его в судную палату, где был сам Иоанн, для выслушания приговора: Филиппу, будто бы уличенному в тяжких винах и в волшебстве, надлежало кончить дни в заключении. Тут он простился с миром, великодушно, умилительно; не укорял судей, но в последний раз молил Иоанна сжалиться над Россиею, не терзать подданных,-вспомнить, как Царствовали его предки, как он сам Царствовал в юности, ко благу людей и собственному. Государь, не ответствуя ни слова, движением руки предал Филиппа воинам. Дней восемь сидел он в темнице, в узах; был перевезен в обитель Св. Николая Старого, на берегу Москвы-реки; терпел голод и питался молитвою. Между тем Иоанн истреблял знатный род Колычевых: прислал к Филиппу отсеченную голову его племянника Ивана Борисовича и велел сказать: "се твой любимый сродник: не помогли ему твои чары!" Филипп встал, взял голову, благословил и возвратил принесшему. Опасаясь любви граждан Московских ко сверженному Митрополиту - слыша, что они с утра до вечера толпятся вокруг обители Николаевской, смотрят на келию заключенного и рассказывают друг другу о чудесах его святости - Царь велел отвезти страдальца в Тверской монастырь, называемый Отрочим, и немедленно избрал нового Митрополита, Троицкого Архимандрита, именем Кирилла, к досаде Пимена, имевшего надежду заступить место Филиппа.