Одарив Митрополита, Святителей, и сам приняв дары от всех людей чиновных, гостей и купцев, Российских, Английских, Нидерландских, нововенчанный Царь объявил разные милости: уменьшил налоги; возвратил свободу и достояние многим знатным людям, которые лет двадцать сидели в темнице; исполняя завещание Иоанново, освободил и всех военнопленных; наименовал Боярами Князей Дмитрия Хворостинина, Андрея и Василия Ивановичей Шуйских, Никиту Трубецкого, Шестунова, двух Куракиных, Федора Шереметева и трех Годуновых, внучатных братьев Ирины; пожаловал Герою, Князю Ивану Петровичу Шуйскому, все доходы города Пскова, им спасенного. Но сии личные милости были ничто в сравнении с теми, коими Феодор осыпал своего шурина, дав ему все, что подданный мог иметь в самодержавии: не только древний знатный сан Конюшего, в течение семнадцати лет никому не жалованный, но и титло Ближнего Великого Боярина, наместника двух Царств, Казанского и Астраханского. Беспримерному сану ответствовало и богатство беспримерное: Годунову дали, или Годунов взял себе, лучшие земли и поместья, доходы области Двинской, Ваги, - все прекрасные луга на берегах Москвы-реки, с лесами и пчельниками, - разные казенные сборы Московские, Рязанские, Тверские, Северские, сверх особенного денежного жалованья: что, вместе с доходом его родовых отчин в Вязьме и Дорогобуже, приносило ему ежегодно не менее осьми или девяти сот тысяч нынешних рублей серебряных: богатство, какого от начала России до наших времен не имел ни один Вельможа, так, что Годунов мог на собственном иждивении выводить в поле до ста тысяч воинов! Он был уже не временщик, не любимец, но Властитель Царства. Уверенный в Феодоре, Борис еще опасался завистников и врагов: для того хотел изумить их своим величием, чтобы они не дерзали и мыслить об его низвержении с такой высокой степени, недоступной для обыкновенного честолюбия Вельмож-Царедворцев. Действительно изумленные, сии завистники и враги несколько времени злобились втайне, безмолвствуя, но вымышляя удар; а Годунов, со рвением души славолюбивой, устремился к великой цели: делами общественной пользы оправдать доверенность Царя, заслужить доверенность народа и признательность отечества. Пентархия, учрежденная Иоанном, как тень исчезла: осталась древняя Дума Царская, где Мстиславский, Юрьев, Шуйский судили наряду с иными Боярами, следуя мановению Правителя: ибо так современники именовали Бориса, который один, в глазах России, смело правил рулем государственным, повелевал именем Царским, но действовал своим умом, имея советников, но не имея ни совместников, ни товарищей.
Когда Феодор, утомленный мирским великолепием, искал отдохновения в набожности; когда, прервав блестящие забавы и пиры, в виде смиренного богомольца ходил пешком из монастыря в монастырь, в Лавру Сергиеву и в иные Святые Обители, вместе с супругою, провождаемою знатнейшими Боярынями и целым полком особенных Царицыных телохранителей (пышность новая, изобретенная Годуновым, чтобы вселить в народ более уважения к Ирине и к ее роду)… в то время Правительство уже неусыпно занималось важными делами государственными, исправляло злоупотребления власти, утверждало безопасность внутреннюю и внешнюю. Во всей России, как в счастливые времена Князя Ивана Бельского и Адашева, сменили худых наместников, Воевод и судей, избрав лучших; грозя казнию за неправду, удвоили жалованье чиновников, чтобы они могли пристойно жить без лихоимства; вновь устроили войско и двинули туда, где надлежало восстановить честь оружия или спокойствие отечества. Начали с Казани. Еще лилась кровь Россиян на берегах Волги, и бунт кипел в земле Черемисской: Годунов более умом, нежели мечем, смирил мятежников, уверив их, что новый Царь, забывая старые преступления, готов, как добрый отец, миловать и виновных в случае искреннего раскаяния; они прислали старейшин в Москву и дали клятву в верности. Тогда же Борис велел строить крепости на Горной и Луговой стороне Волги, Цывильск, Уржум, Царев-город на Кокшаге, Санчурек и другие, населил оные Россиянами, и тем водворил тишину в сей земле, столь долго для нас бедственной.
Усмирив Казанское Царство, Годунов довершил завоевание Сибирского. Еще не зная о гибели Ермака, но зная уменьшение его сил от болезней и голода, он немедленно послал туда Воеводу Ивана Мансурова с отрядом стрельцов, а вслед за ним и других, Василия Сукина, Ивана Мясного, Данила Чулкова с знатным числом ратников и с огнестрельным снарядом. Первый встретил наших Сибирских витязей, Атамана Матвея Мещеряка с остатком Ермаковых сподвижников, на реке Type. «Доблие Козаки ожили радостию», - говорит Летописец: не боясь новых опасностей и битв, ужасаясь единственно мысли явиться в отечестве бедными изгнанниками, с вестию о завоевании утраченном, они, исполненные мужества и надежды, возвратились к устью Тобола, но не могли взять Искера, где властвовал уже не старец Кучюм, а юный, бодрый Князь Сейдяк, его победитель: сведав о бегстве Козаков, он собрал толпы ногаев, преданных ему Татар Сибирских, выгнал Кучюма и, слыша о новом приближении Россиян, стоял на берегу Иртыша с войском многочисленным, готовый к усильному бою. Козаки предложили Мансурову плыть далее Иртышом, несмотря на осеннее время, холод и морозы. Там, где сия река впадает в Обь, они вышли на берег и сделали деревянную крепость: пишут, что Остяки, думая взять оную, принесли с собою славного Белогорского идола, или Шайтана, начали ему молиться под деревом и разбежались от ужаса, когда Россияне пушечным выстрелом сокрушили сей кумир обожаемый. - Воеводы Сукин и Мясной остановились на берегу Туры, и на месте городка Чингия основали нынешний Тюмень. Чулков же, не находя сопротивления или преодолев оное, заложил Тобольск, и в нем первую церковь Христианскую (в 1587 году); известил о том Воеводу Мансурова, Атамана Мещеряка, соединился с ними, разбил Князя Сейдяка, дерзнувшего приступить к Тобольской крепости, взял его в плен раненного, весь обоз, все богатство, и сею победою, которая стоила жизни последнему Ермакову Атаману, Никите Мещеряку, довершил падение Ногайского Иртышского Царства. Искер опустел, и Тобольск сделался новою столицею Сибири. Другое же, менее вероятное предание славит не мужество, а хитрость Воеводы Чулкова, весьма не достохвальную: узнав, как пишут, что Сейдяк, друг его, Царевич Киргизский Ураз-Магмет, и Мурза-Карача вышли из Искера с пятьюстами воинами, и на Княжеском лугу, близ Тобольска, увеселяются птичьею ловлею, Воевода пригласил их к себе в гости, связал и послал в Москву. - Еще изгнанник Кучюм держался с шайками Ногаев Тайбугина Улуса в степи Барабинской, жег селения, убивал людей в волостях Курдацкой, Салынской, в самых окрестностях Тобола: чтобы унять сего разбойника, новый Сибирский Воевода, Князь Кольцов-Мосальский, ходил во глубину пустынь Ишимских и близ озера Чили-Кула (1 Августа 1591) истребил большую часть его конницы, захватив двух жен Ханских и сына, именем Абдул-Хаира. Тщетно государь, желая водворить тишину в своем новом, отдаленном Царстве, предлагал Кучюму жалованье, города и волости в России; обещал даже оставить его Царем в земле Сибирской, если он с покорностию явится в Москве. О том же писал к отцу и пленник Абдул-Хаир, славя великодушие Феодора, который дал ему и Царевичу Маметкулу богатые земли в собственность, любя живить смертных и миловать виновных. Оставленный двумя сыновьями, Ногайскими союзниками и знатным Чин-Мурзою (который выехал к нам вместе с матерью Царевича Маметкула), Кучюм гордо ответствовал на предложения Феодоровы: «Я не уступал Сибири Ермаку, хотя он и взял ее. Желая мира, требую Иртышского берега». Но бессильная злоба Кучюмова не мешала Россиянам более и более укрепляться в Сибири заложением новых городов от реки Печоры до Кета и Тары, для безопасного сообщения с Пермию и с Уфою, тогда же построенною, вместе с Самарою, для обуздания Ногаев. В 1592 году, при Тобольском Воеводе Князе Федоре Михайловиче Лобанове-Ростовском, были основаны Пелым, Березов, Сургут; в 1594 - Тара, в 1596 - Нарым и Кетский Острог, неодолимые твердыни для диких Остяков, Вогуличей и всех бывших Кучюмовых Улусников, которые иногда еще мыслили о сопротивлении, изменяли и не хотели платить ясака: так в грамотах Царских упоминается о мятеже Пелымского Князя Аблегирима, коег