Кучюм возвратился на место битвы и там, в присутствии Сеита, занимался два дня погребением мертвых тел; в третий день сел на коня - и скрылся для Истории. Остались только неверные слухи о бедственной его кончине: пишут, что он, скитаясь в степях Верхнего Иртыша в земле Калмыцкой и близ озера Заисан-Нора, похитив несколько лошадей, был гоним жителями из пустыни в пустыню, разбит на берегу озера Кургальчина и почти один явился в Улусе Ногаев, которые безжалостно умертвили слепого старца изгнанника, сказав: «Отец твой нас грабил, а ты не лучше отца». Весть о сем происшествии обрадовала Москву и Россию: Борис с донесением Воейкова спешил ночью в монастырь к Ирине, любя делить с нею все чистые удовольствия державного сана. Истребление Кучюма, первого и последнего Царя Сибирского, если не могуществом, то непреклонною твердостию в злосчастии достопамятного, как бы запечатлело для нас господство над полунощною Азиею. В столице и во всех городах снова праздновали завоевание сего неизмеримого края, звоном колокольным и молебнами. Воейкова наградили золотою медалью, а его сподвижников деньгами; велели привезти знатных пленников в Москву и дали народу удовольствие видеть их торжественный въезд (в Генваре 1599). Жены, дочери, невестки и сыновья Кучюмовы (юноши Асманак и Шаим, отрок Бабадша, младенцы Кумуш и Молла) ехали в богатых резных санях: Царицы и Царевны в шубах бархатных, атласных и камчатных, украшенных золотом, серебром и кружевом; Царевичи в ферезях багряных, на мехах драгоценных; впереди и за ними множество всадников, Детей Боярских, по два в ряд, все в шубах собольих, с пищалями. Улицы были наполнены зрителями, Россиянами и чужеземцами. Цариц и Царевичей разместили в особенных домах, купеческих и Дворянских; давали им содержание пристойное, но весьма умеренное; наконец отпустили жен и дочерей Ханских в Касимов и в Бежецкий Верх к Царю Ураз-Магмету и к Царевичу Сибирскому Маметкулу, согласно с желанием тех и других. Сын Кучюмов Абдул-Хаир, взятый в плен еще в 1591 году, принял тогда Христианскую Веру и был назван Андреем.
С сего времени уже не имея войны, но единственно усмиряя, без важных усилий, строптивость наших данников в Сибири и страхом или выгодами мирной, деятельной власти умножая число их, мы спокойно занимались там основанием новых городов: Верхотурья в 1598, Мангазеи и Туринска в 1600, Томска в 1604 годах; населяли их людьми воинскими, семейными, особенно Козаками Литовскими или Малороссийскими, и самых коренных жителей Сибирских употребляли на ратное дело, вселяя в них усердие к службе льготою и честию, так что с величайшею ревностию содействовали нам в покорении своих единоземцев. Одним словом, если случай дал Иоанну Сибирь, то государственный ум Борисов надежно и прочно вместил ее в состав России.
В делах внешней политики Российской ничто не переменилось: ни дух ее, ни виды. Мы везде хотели мира или приобретений без войны, готовясь единственно к оборонительной; не верили доброжелательству тех, коих польза была несовместна с нашею, и не упускали случая вредить им без явного нарушения договоров.
Хан, уверяя Россию в своей дружбе, откладывал торжественное заключение нового договора с новым Царем: между тем Донские Козаки тревожили набегами Тавриду, а Крымские разбойники Белогородскую область. Наконец, в июне 1602 года, Казы-Гирей, приняв дары, оцененные в 14000 рублей, вручил послу, Князю Григорию Волконскому, шертную грамоту со всеми торжественными обрядами, но еще хотел тридцати тысяч рублей и жаловался, что Россияне стесняют Ханские Улусы основанием крепостей в степях, которые были дотоле привольем Татарским. «Не видим ли (говорил он) вашего умысла, столь недружелюбного? Вы хотите задушить нас в ограде. А я вам друг, каких мало. Султан живет мыслию идти войною на Россию, но слышит от меня всегда одно слово: далеко! там пустыни, леса, воды, болота, грязи непроходимые». Царь ответствовал, что казна его истощилась от милостей, оказанных войску и народу; что крепости основаны единственно для безопасности наших Посольств к Хану и для обуздания хищных Донских Козаков; что мы, имея рать сильную, не боимся Султановой. Любимец Казы-Гиреев Ахмет-Челибей, присланный к Царю с союзною грамотою, требовал от него клятвы в верном исполнении взаимных условий: Борис взял в руки книгу (без сомнения не Евангелие) и сказал: «Обещаю искреннее дружество Казы-Гирею: вот моя большая присяга», не хотел ни целовать креста, ни показать сей книги Челибею, коего уверяли, что Государь Российский из особенной любви к Хану изустно произнес священное обязательство союза и что договоры с иными венценосцами утверждаются только Боярским словом. Так Борис, вопреки древнему обыкновению, уклонился от бесполезного унижения святыни в делах с варварами, уважающими одну корысть и силу; честил Хана умеренными дарами, а всего более надеялся на войско, готовое для защиты юго-восточных пределов России, и сохранил их спокойствие. Были взаимные досады, однако ж без всяких неприятельских действий. В 1603 году Казы-Гирей с гневом выслал из Тавриды нового Посла Государева Князя Борятинского за то, что он не хотел удержать Донских Козаков от впадения в Карасанский Улус, ответствуя грубо: «у вас есть сабля; а мое дело сноситься только с Ханом, не с ворами Козаками». Но сей случай не произвел разрыва: Хан жаловался без угроз и подтвердил обязательство умереть нашим другом, опасаясь тогда Султана и думая найти защитника в Борисе.
В делах с Литвою и с Швециею Борис также старался возвысить достоинство России, пользуясь случаем и временем. Сигизмунд, именем еще Король Швеции, уже воевал с ее Правителем, дядею своим, Герцогом Карлом, и склонил Вельможных Панов к участию в сем междоусобии, уступив их отечеству Эстонию. В таких благоприятных для нас обстоятельствах Литва домогалась прочного мира, а Швеция союза с Россиею: Борис же, изъявляя готовность к тому и к другому, вымышлял легкий способ взять у них, что было нашим и что мы уступили им невольно: древние Орденские владения, о коих столько жалел Иоанн, жалела и Россия, купив оные долговременными, кровавыми трудами и за ничто отдав властолюбивым иноземцам.