Между тем, как бы еще не полагаясь на удостоверение Россиян в самозванстве расстриги, Василий дерзнул явлением торжественным напомнить им о своих лжесвидетельствах, коими он, в угодность Борису, затмил обстоятельства Димитриевой гибели: Царь велел Святителям, Филарету Ростовскому и Феодосию Астраханскому, с Боярами Князем Воротынским, Петром Шереметевым, Андреем и Григорием Нагими, перевезти в Москву тело Димитрия из Углича, где оно, в господствование Самозванца, лежало уединенно в опальной могиле, никем не посещаемой: Иереи не смели служить панихид над нею; граждане боялись приближиться к сему месту, которое безмолвно уличало мнимого Димитрия в обмане. Но падение обманщика возвратило честь гробу Царевича: жители устремились к нему толпами; пели молебны, лили слезы умиления и покаяния, лучше других Россиян знав истину и молчав против совести. Когда Святители и Бояре Московские, прибыв в Углич, объявили волю Государеву, народ долго не соглашался выдать им драгоценные остатки юного мученика, взывая: “Мы его любили и за него страдали! Лишенные живого, лишимся ли и мертвого?” Когда же, вынув из земли гроб и сняв его крышку, увидели тело, в пятнадцать лет едва поврежденное сыростию земли: плоть на лице и волосы на голове целые, равно как и жемчужное ожерелье, шитый платок в левой руке, одежду также шитую серебром и золотом, сапожки, горсть орехов, найденных у закланного младенца в правой руке и с ним положенных в могилу: тогда, в единодушном восторге, жители и пришельцы начали славить сие знамение святости - и за чудом следовали новые чудеса, по свидетельству современников: недужные, с верою и любовию касаясь мощей, исцелялись. Из Углича несли раку [3 Июня], переменяясь, люди знатнейшие, воины, граждане и земледельцы: Василий, Царица-Инокиня Марфа, Духовенство, Синклит, народ встретили ее за городом; открыли мощи, явили их нетление, чтобы утешить верующих и сомкнуть уста неверным. Василий взял святое бремя на рамена свои и нес до церкви Михаила Архангела, как бы желая сим усердием и смирением очистить себя перед тем, кого он столь бесстыдно оклеветал в самоубийстве! Там, среди храма, Инокиня Марфа, обливаясь слезами, молила Царя, Духовенство, всех Россиян, простить ей грех согласия с Лжедимитрием для их обмана - и Святители, исполняя волю Царя, разрешили ее торжественно, из уважения к ее супругу и сыну. Народ исполнился умиления, и еще более, когда церковь огласилась радостными кликами многих людей, вдруг излеченных от болезней действием Веры к мощам Димитриевым, как пишут очевидцы. Хотели предать земле сии святые остатки и раскопали засыпанную могилу Годунова, чтобы поставить в ней гроб его жертвы, в пределе, где лежат Царь Иоанн и два сына его; но благодарность исцеленных и надежда болящих убедили Василия не скрывать источника благодати: вложили тело в деревянную раку, обитую золотым атласом, оставили ее на помосте и велели петь молебны новому Угоднику Божию, вечно праздновать его память и вечно клясть Лжедимитриеву.
Еще Церковь не имела Патриарха: в самый первый день Василиева Царствования свели Игнатия с престола, без суда духовного, единственно по указу Государеву, - одели в черную рясу и заперли в келиях Чудова монастыря; Иов же, в печали, в слезах лишась зрения, не хотел возвратиться в Москву, где находились тогда все Святители Российские, кроме Митрополита Ермогена, удаленного Лжедимитрием, и тем возвышенного во мнении народа. Среди жалостных примеров слабости, оказанное несчастным Иовом и всем Духовенством, Ермоген, не обольщенный милостию Самозванца, не устрашенный опалою за ревность к Православию, казался Героем Церкви, и был единодушно, единогласно наречен Патриархом, - нетерпеливо ожидаем и немедленно посвящен, как скоро прибыл из Казани в столицу, собором наших Епископов. Царь, с любовью вручая Ермогену жезл Св. Петра Митрополита, и Ермоген, с любовью благословляя Царя, заключили искренний, верный союз Церкви с Государством, но не для их мира и счастия!
Утвердив себя на престоле великодушным обетом блюсти закон, всенародным оправданием казни расстригиной, своим Царским венчанием, торжеством Димитриевой святости, избранием Патриарха ревностного и мужественного духом, - поставив войско на берегах Оки и в Украине, велев надежным чиновникам осмотреть его и Воеводам ждать царского указа, чтобы идти для усмирения врагов, где они явятся, - Василий немедленно занялся делами внешними. Важнейшим делом было решить мир или войну с Литвою, не уронить достоинства России, но без крайности не начинать кровопролития в смутных обстоятельствах Государства, коего внутреннее устройство, после измен и бунтов, требовало времени и тишины. Еще тело Самозванца лежало на лобном месте, когда Духовенство наше отправило гонца в Киев, к тамошнему Воеводе, Князю Острожскому, с известительною грамотою о всем, что случилось в Москве, и с уверением в миролюбии Российского Правительства, не взирая на все козни Литовского. В сем смысле действовал и новый Венценосец: хранил Поляков от злобы народа, велел давать им все нужное в изобилии, и с честию отвезти Марину к отцу, который, обманывая себя и других, еще именовал ее Царицею, и в виде слуги усердного благоговел пред дочерью. Марина изъявляла более высокомерия, нежели скорби, и говорила своим ближним: “Избавьте меня от ваших безвременных утешений и слез малодушных!” У нее взяли сокровища, одежды богатые, данные ей мужем: она же не жаловалась от гордости. Взяли и все имение Воеводы Сендомирского: 10000 рублей деньгами, кареты, лошадей, приборы конские, вина, всего на 250000 нынешних рублей серебряных, сказав ему: “возвратим тебе, что найдется твоим собственным: удержим достояние казны Царской”. В свидании с Боярами Мнишек не скрывал глубокой своей печали, ни раскаяния, вероятно искреннего, быв знаменитейшим Вельможею в отечестве и видя себя невольником в стране чуждой, где народная месть, им заслуженная, угрожала ему гибелию или узами, после его сновидения о Державном величии. Бояре обещали Мнишку не только безопасность, но и свободу, если Король удостоверит Василия в истинном расположении к миру.