Первою знаменитою жертвою подозрения и доносов был тот, с кем Годунов жил некогда душа в душу, кто охотно делил с ним милость Иоаннову и страдал за него при Феодоре - свойственник Царицы Марии, Бельский. Спасенный Годуновым от злобы народной во время Московского мятежа, но оставленный надолго в честной ссылке, - снова призванный ко двору, но без всякого отличия, и в самое Царствование Бориса удостоенный только второстепенного думного сана, сей главный любимец Грозного, считая себя благодетелем Годунова, мог быть или казаться недовольным, следственно виновным в глазах Царя, имея еще и другую, важнейшую вину за собою: он знал лучше иных глубину Борисова сердца! В 1600 году Царь послал его в дикую степь строить новую крепость Борисов на берегу Донца Северского, без сомнения не в знак милости; но Бельский, стыдясь представлять лицо уничиженного, ехал в отдаленные пустыни как на знатнейшее Воеводство, с необыкновенною пышностию, с богатою казною и множеством слуг; велел заложить город своим, а не Царским людям; ежедневно угощал стрельцов и Козаков, давал им одежду и деньги, не требуя ничего от государя. Следствием было то, что новую крепость построили скорее и лучше всех других крепостей; что делатели не скучали работою, любя, славя начальника; а Царю донесли, что начальник, милостию прельстив воинов, думает объявить себя независимым и говорит: «Борис Царь в Москве, а я Царь в Борисове!» Сию клевету, основанную, вероятно, на тщеславии и каком-нибудь неосторожном слове Бельского, приняли за истину (ибо Годунов желал избавиться от старинного, беспокойного друга) - и решили, что он достоин смерти; но Царь, хвалясь милосердием, велел только взять у него имение и выщипать ему всю длинную, густую бороду, избрав Шотландского хирурга Габриеля для совершения такой новой казни. Бельский снес позор и, заточенный в один из Низовых городов, дожил там до случая отмстить неблагодарному хотя в могиле. Умный, опытный в делах государственных, сей преемник Малюты Скуратова был ненавистен Россиянам страшными воспоминаниями своих дней счастливых, а иноземцам своею жестокою к ним неприязнию, которою он мог гневить и Бориса, их ревностного покровителя. Мало жалели о старом, безродном временщике; но его опала предшествовала другой, гораздо чувствительнейшей для знатных родов и для всего отечества.
Память добродетельной Анастасии и свойство Романовых-Юрьевых с Царским домом Мономаховой крови были для них правом на общее уважение и самую любовь народа. Боярин Никита Романович, достойный сей любви и личными благородными качествами, оставил 5 сыновей: Федора, Александра, Михайла, Ивана и Василия, в последний час жизни молив Годунова быть им вместо отца. Честя их наружно - дав старшим, Федору и Александру, Боярство, Михайлу сан Окольничего, и женив своего ближнего, Ивана Ивановича Годунова, на их меньшей сестре, Ирине - Борис внутренно опасался Романовых, как совместников для его юного сына: ибо носилась молва, что Феодор, за несколько времени до кончины, мыслил объявить старшего из них наследником Государства: молва, вероятно, несправедливая; но они, будучи единокровными Анастасии и двоюродными братьями Феодора, казались народу ближайшими к престолу. Сего было достаточно для злобы Борисовой, усиленной насказами родственников Царских; но гонение требовало предлога, если не для успокоения совести, то для мнимой безопасности гонителя, чтобы личиною закона прикрыть злодейство, как иногда поступал Грозный и сам Борис, избавляя себя от ненавистных ему людей в Феодорово время. Надежнейшими изветниками считались тогда рабы: желая ободрить их в сем предательстве, Царь не устыдился явно наградить одного из слуг Боярина Князя Федора Шестунова за ложный донос на господина в недоброхотстве к Венценосцу: Шестунова еще не тронули, но всенародно, на площади, сказали клеветнику милостивое слово Государево, дали вольность, чин и поместье. Между тем шептали слугам Романовых, что их за такое же усердие ждет еще важнейшая милость Царская; и главный клеврет нового тиранства, новый Малюта Скуратов, Вельможа Семен Годунов, изобрел способ уличить невинных в злодействе, надеясь на общее легковерие и невежество: подкупил казначея Романовых, дал ему мешки, наполненные кореньями, велел спрятать в кладовой у Боярина Александра Никитича и донести на своих господ, что они, тайно занимаясь составом яда, умышляют на жизнь Венценосца. Вдруг сделалась в Москве тревога: Синклит и все знатные чиновники спешат к Патриарху; посылают окольничего Михайла Салтыкова для обыска в кладовой у Боярина Александра; находят там мешки, несут к Иову и в присутствии Романовых высыпают коренья, будто бы волшебные, изготовленные для отравления Царя. Все в ужасе - и Вельможи, усердные подобно Римским Сенаторам Тибериева или Неронова времени, с воплем кидаются на мнимых злодеев, как дикие звери на агнцев, - грозно требуют ответа и не слушают его в шуме. Отдают Романовых под крепкую стражу и велят судить, как судят беззаконие.
Сие дело есть одно из гнуснейших Борисова ожесточения и бесстыдства. Не только Романовым, но и всем их ближним надлежало погибнуть, чтобы не осталось мстителей на земле за невинных страдальцев. Взяли Князей Черкасских, Шестуновых, Репниных, Карповых, Сицких: знатнейшего из последних, Князя Ивана Васильевича, Наместника Астраханского, привезли в Москву скованного с женою и сыном. Допрашивали, ужасали пыткою, особенно Романовых; мучили, терзали слуг их, безжалостно и бесполезно: никто не утешил тирана клеветою на самого себя или на других; верные рабы умирали в муках, свидетельствуя единственно о невинности господ своих пред Царем и Богом. Но судии не дерзали сомневаться в истине преступления, столь грубо вымышленного, и прославили неслыханное милосердие Царя, когда он велел им осудить Романовых, со всеми их ближними, единственно на заточение, как уличенных в измене и в злодейском намерении извести Государя средствами волшебства. В июне 1601 года исполнился приговор Боярский: Федора Никитича Романова (будущего знаменитого Иерарха), постриженного и названного Филаретом, сослали в Сийскую Антониеву Обитель; супругу его, Ксению Ивановну, также постриженную и названную Марфою, в один из заонежских погостов; тещу Федорову, Дворянку Шестову, в Чебоксары, в Никольский Девичий монастырь; Александра Никитича в Усолье-Луду, к Белому морю; третьего Романова, Михайла, в Великую Пермь, в Ныробскую волость; четвертого, Ивана, в Нелым; пятого, Василья, в Яренск; зятя их, Князя Бориса Черкасского, с женою и с детьми ее брата, Федора Никитича, с шестилетним Михаилом (будущим Царем!) и с юною дочерью, на Белоозеро, сына Борисова, Князя Ивана, в Малмыж на Вятку; Князя Ивана Васильевича Сицкого в Кожеозерский монастырь, а жену его в пустыню Сумского острога; других Сицких, Федора и Владимира Шестуновых, Карповых и Князей Репниных в темницы разных городов: одного же из последних, Воеводу Яренского, будто бы за расхищение Царского достояния, в Уфу. Вотчины и поместья опальных раздали другим; имение движимое и домы взяли в казну.