Но гонение не кончилось ссылкою и лишением собственности: не веря усердию или строгости местных начальников, послали с несчастными Московских приставов, коим надлежало смотреть за ними неусыпно, давать им нужное для жизни и доносить Царю о каждом их слове значительном. Никто не смел взглянуть на оглашенных изменников, ни ходить близ уединенных домов, где они жили, вне городов и селений, вдали от больших дорог; некоторые в землянках, и даже скованные. В монастырь Сийский не пускали богомольцев, чтобы кто-нибудь из них не доставил письма Федору Никитичу, Иноку невольному, но ревностному в благочестии: коварный пристав, с умыслом заговаривая ему о дворе, семействе и друзьях его, доносил Царю. что Филарет не находит между Боярами и Вельможами ни одного весьма умного, способного к делам государственным, кроме опального Богдана Бельского, и считает себя жертвою их злобных наветов; что хотя занимается единственно спасением души, но тоскует о жене и детях, не зная, где они без него сиротствуют, и моля Бога о скором конце их бедственной жизни (Бог не услышал сей молитвы, ко счастию России!). Донесли также Царю, что Василий Романов, отягченный болезнию и цепями, не хотел однажды славить милосердия Борисова, сказав Приставу: «истинная добродетель не знает тщеславия». Но Борис, как бы желая доказать узнику истину своего милосердия, велел снять с него цепи, объявить за них Царский гнев приставу, излишно ревностному в угнетении опальных, перевезти недужного Василия в Пелым к брату Ивану Никитичу, лишенному движения в руке и ноге от удара, и дать им печальное утешение страдать вместе. Василий от долговременной болезни скончался (15 февраля 1602) под молитвою брата и великодушного раба, который, верно служив господину в чести, служил ему и в оковах с усердием нежного сына. Александр и Михайло Никитичи также недолго жили в темнице, быв жертвою горести или насильственной смерти, как пишут: первого схоронили в Луде, второго в семи верстах от Чердыня, близ села Ныроба, в месте пустынном, где над могилою выросли два кедра. Доныне в церкви Ныробской хранятся Михайловы тяжкие оковы, и старцы еще рассказывают там о великодушном терпении, о чудесной силе и крепости сего мужа, о любви к нему всех жителей, коих дети приходили к его темнице играть на свирелях, и сквозь отверстия землянки подавали узнику все лучшее, что имели, для утоления голода и жажды: любовь, за которую их гнали при Годунове и наградили в Царствование Романовых милостивою, обельною грамотою. - Если верить Летописцу, то Борис, велев удавить в монастыре Князя Ивана Сицкого с женою, хотел уморить голодом и недужного Ивана Романова; но бумаги приказные свидетельствуют, что последний имел весьма не бедное содержание, ежедневно два или три блюда, мясо, рыбу, белый хлеб, и что у пристава еще было 90 (450 нынешних серебряных) рублей в казне, для доставления ему нужного. Скоро участь опальных смягчилась, от политики ли Царя (ибо народ жалел об них), или от ходатайства зятя Романовых, Крайчего Ивана Ивановича Годунова. В Марте 1602 Царь милостиво указал Ивану Романову (оставляя его под надзором, но уже без имени злодея) ехать в Уфу на службу, оттуда в Нижний Новгород, и наконец в Москву, вместе с племянником, Князем Иваном Черкасским; Сицких послал Воеводствовать в города Низовские (освободил ли Шестуновых и Репниных, неизвестно); а Княгине Черкасской, Марфе Никитишне, овдовевшей на Белеозере, велел жить с невесткою, сестрою и детьми Федора Никитича, в отчине Романовых Юрьевского уезда, в селе Клине, где, лишенный отца и матери, но блюдомый Провидением, дожил семилетний отрок Михаил, грядущий Венценосец России, до гибели Борисова племени. Царь хотел изъявить милость и Филарету: позволил ему стоять в церкви на крылосе, взять к себе Чернца в келию для услуг и беседы; приказал всем довольствовать своего изменника (еще так называя сего мужа непорочного в совести) и для богомольцев отворить монастырь Сийский, но не пускать их к опальному Иноку; приказал наконец (в 1605 году) посвятить Филарета в Иеромонахи и в Архимандриты, чтобы тем более удалить его от мира!
Не одни Романовы были страшилищем для Борисова воображения. Он запретил Князьям Мстиславскому и Василию Шуйскому жениться, думая, что их дети, по древней знатности своего рода, могли бы также состязаться с его сыном о престоле. Между тем, устраняя будущие мнимые опасности для юного Феодора, робкий губитель трепетал настоящих: волнуемый подозрениями, непрестанно боясь тайных злодеев и равно боясь заслужить народную ненависть мучительством, гнал и миловал: сослал Воеводу, Князя Владимира Бахтеярова-Ростовского, и простил его; удалил от дел знаменитого Дьяка Щелкалова, но без явной опалы; несколько раз удалял и Шуйских, и снова приближал к себе: ласкал их, и в то же время грозил немилостию всякому, кто имел обхождение с ними. Не было торжественных казней, но морили несчастных в темницах, пытали по доносам. Сонмы изветников, если не всегда награждаемых, но всегда свободных от наказания за ложь и клевету, стремились к Царским палатам из домов Боярских и хижин, из монастырей и церквей: слуги доносили на господ, Иноки, Попы, Дьячки, просвирницы на людей всякого звания - самые жены на мужей, самые дети на отцов, к ужасу человечества! «И в диких Ордах (прибавляет Летописец) не бывает столь великого зла: господа не смели глядеть на рабов своих, ни ближние искренно говорить между собою; а когда говорили, то взаимно обязывались страшною клятвою не изменять скромности». Одним словом, сие печальное время Борисова Царствования, уступая Иоаннову в кровопийстве, не уступало ему в беззаконии и разврате: наследство гибельное для будущего! Но великодушие еще действовало в Россиянах (оно пережило Иоанна и Годунова, чтобы спасти отечество): жалели о невинных страдальцах и мерзили постыдными милостями Венценосца к доносителям; другие боялись за себя, за ближних - и скоро неудовольствие сделалось общим. Еще многие славили Бориса: приверженники, льстецы, изветники, утучняемые стяжанием опальных: еще знатное Духовенство, как уверяют, хранило в душе усердие к Венценосцу, который осыпал Святителей знаками благоволения: но глас отечества уже не слышался в хвале частной, корыстолюбивой, и молчание народа, служа для Царя явною укоризною, возвестило важную перемену в сердца Россиян: они уже не любили Бориса!